《上海交通大学学报(医学版)》原上海第二医科大学学报为医药卫生类综合性学术期刊，创刊于1958年，月刊。本刊以全面反映本校在科研、医疗、教学和管理等领域中所取得的新成果、新理论、新技术、新经验，引导科技发展，培养学术人才，增进学术交流为办刊宗旨，设有专家论坛、论著（基础研究、临床研究、预防医学、卫生事业管理等）、专题报道、综述、短篇论著、技术与方法、病例报告和信息交流等栏目。主要读者对象为从事医疗、教学、科研、卫生事业管理等工作的人员。

《上海交通大学学报(医学版)》以反映上海交通大学的医药学科研成果为主，并接收校外来稿。本刊向国内外公开发行，被包括中国自然科学类核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国核心期刊(遴选)数据库、美国《化学文摘(CA)》、俄罗斯《文摘杂志(AJ)》、美国《剑桥科学文摘(CSA)》等国内外权威检索系统收录。

《上海交通大学学报(医学版)》获中国科技核心期刊；中国医学核心期刊；中国期刊方阵“双效”期刊；中科双效期刊；Caj-cd规范获奖期刊。